Fakultas Pertanian Universitas Al – Amin Sorong berdiri pada tahun 2002, bersamaan dengan berubahnya status Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi Al-Amin Sorong menjadi Universitasl Al – Amin, berdasarkan SK. Mendiknas No. 264/D/0/2002 tanggal 20 Desember 2002. Fakultas Pertanian membuka 2 (dua) Program Studi, yaitu Agronomi dan Manajemen Hutan. Pada tahun 2006 resmi menjadi Universitas Al Amin Muhammadiyah Sorong sesuai SK Pimpinan Pusat Muhammadiyah 160/KEP/I.0/2006. Seiring berjalannya waktu maka pada tahun 2013 dengan berbagai alasan maka terbentuklah Universitas Muhammadiyah Sorong (UM-Sorong) berdasarkan Keputusan Dirjen Dikti Depdikbud Nomor 568/E/O/2013 tanggal 09 Desember 2013.
Pada awal berdiri Program Studi Agronomi dan Program Studi Manajemen Hutan dimana terlihat animo pendaftar yang cukup banyak terutama dari kalangan pegawai negeri khususnya Pertanian, Karantina tumbuhan, Penyuluhan Pertanian Lapangan dan dari kantor Dinas Kehutanan dengan tenaga pengajar masing-masing prodi berjumlah 5 orang dosen. Pada tahun 2012 barulah terjadi perubahan Dimana Program studi Agronomi menjadi Agroteknologi dan Program Studi Manajemen Hutan menjadi Kehutanan. Sejak berdirinya ke dua Program Studi sudah menyelenggarakan lokakarya kurikulum sebanyak 2 kali yaitu pada tahun 2006 dan tahun 2010. Lokakarya kurikulum sekaligus Visi Misi dan Tujuan baik dari pihak Fakultas maupun dari kedua Program Studi yang dilaksanakan pada tahun 2014, 2018 dan 2022 dengan melibatkan pihak stakeholder internal dan eksternal yang menghasilkan perubahan terhadap kurikulum maupun Visi dan Misi yang diselaraskan dengan Visi Univeristas Muhammadiyah Sorong serta penambahan bebrapa mata kuliah sesuai masukan dari stakehorder eksternal.