Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Sorong hadir untuk memenuhi kebutuhan pendidikan tinggi di bidang pertanian di wilayah Sorong dan Papua Barat, terutama dalam pengembangan sumber daya manusia pertanian yang mampu mendukung pembangunan daerah. Fakultas Pertanian kemudian berkembang dengan program studi seperti Agroteknologi dan bidang pertanian lainnya yang berfokus pada pertanian tropis dan ketahanan pangan daerah.

Dalam perkembangannya, Fakultas Pertanian aktif melaksanakan kegiatan akademik, penelitian, dan pengabdian masyarakat. Beberapa kegiatan yang pernah dilakukan antara lain penyuluhan pertanian organik kepada kelompok tani di Kabupaten Sorong serta pengembangan kurikulum berbasis Outcome-Based Education (OBE) untuk meningkatkan mutu pembelajaran.